12 июня 1890 г. императором Александром III было утверждено «Положение об управлении церквами и духовенством Военного и Морского ведомств», согласно которому общее руководство вверялось протопресвитеру военного и морского духовенства. Он назначался Синодом по ходатайству военного министра, утверждался императором и находился в непосредственном подчинении Синода. По рангу протопресвитер приравнивался к архиепископу и генерал-лейтенанту (вице-адмиралу).
Флотские священники назначались протопресвитером из иеромонахов и вдовых священников. Судовые священники полагались только на корабли I и II ранга. При стоянках в портах или плавании в составе эскадр или отрядов экипажи кораблей III ранга и вспомогательных судов приписывались к кораблям, имевших штатных священников, и по возможности посещали службы. На эскадре старший из священников назначался благочинным. Военные священники находились также при штабах, учебных заведениях и госпиталях. Священники честно выполняли свой долг в мирное и военное время. За подвиги в боях многие из них были награждены орденами и наперстными крестами на Георгиевской ленте.
Культовые сооружения Морского ведомства подразделялись на соборы, портовые, госпитальные, тюремные и судовые церкви. Во многих морских храмах хранились ценные исторические реликвии. На стенах церкви Морского корпуса, храма Спаса-на-водах, Кронштадтского морского собора и других имелись доски с именами погибших адмиралов и офицеров, названиями кораблей.
На выставке, приуроченной к 325-летию со дня основания регулярного военного флота в России, представлены копии почтовых карточек и фотографии из коллекции Калининградского областного историко-художественного музея, рассказывающие об участии священников Русской Православной Церкви в духовном напутствии моряков Российского императорского флота.
